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引物对反转录实验的影响

日期:2024-08-28 01:54
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摘要: 引物对反转录实验的影响: 1、 Oligo(dT) Oligo(dT)引物是约12-18个多聚胸腺嘧啶T组成的重复寡核苷酸序列,能够特异性地与真核生物mRNA的ploy(A)尾退火,故不适合缺少ploy(A)尾结构的RNA,如原核生物RNA或microRNA,也不适用于已降解的RNA,如FFPE样品中RNA。 真核生物中mRNA仅占总RNA的1%-5%左右,通常在进行从真核生物中构建cDNA文库,或者克隆全长cDNA以及3’RACE等研究时会优先选择 Oligo(dT)引物。 对于复杂模板RNA,如含较多二级结构,在进行cDNA的合成延伸过程中,当延伸到二级结构...


引物对反转录实验的影响:

1、 Oligo(dT)

Oligo(dT)引物是约12-18个多聚胸腺嘧啶T组成的重复寡核苷酸序列,能够特异性地与真核生物mRNA的ploy(A)尾退火,故不适合缺少ploy(A)尾结构的RNA,如原核生物RNA或microRNA,也不适用于已降解的RNA,如FFPE样品中RNA。

真核生物中mRNA仅占总RNA的1%-5%左右,通常在进行从真核生物中构建cDNA文库,或者克隆全长cDNA以及3’RACE等研究时会优先选择 Oligo(dT)引物。

对于复杂模板RNA,如含较多二级结构,在进行cDNA的合成延伸过程中,当延伸到二级结构处时,可能会造成延伸终止,若选择Oligo(dT)可能会造成mRNA 5’端信息的丢失。

2、 Random N6-N9

随机引物是由随机碱基组成的寡核苷酸,通常由6个核苷酸组成,称为随机6聚体。该种引物不具备特异性,rRNA, tRNA,非编码RNA,小RNA,降解RNA,复杂二级结构的RNA等都可以作为其模板。该类引物可提高cDNA的产量和浓度,但是会使合成的cDNA长度变短。

3、 基因特异性引物

基因特异性引物能够与模板特异性互补,产生目标性很强的cDNA,对于后续的PCR扩增更特异,适用于已知目的序列。通常应用于一步RT-PCR反应。当使用基因特异性引物(GSP)无法有效合成**链cDNA时,可选用Oligo(dT)或随机引物。